La institución lleva el nombre de José María Córdoba, en honor al hombre nacido en Concepción, Antioquia, Colombia, el 8 de septiembre de 1799  y quien falleció en  El Santuario, Antioquia, 17 de octubre de 1829); fue un militar colombiano que participó en la Guerra de Independencia de Colombia y Perú. Antes de los 30 años ya era General en el ejército de Simón Bolívar. Es conocido como El héroe de Ayacucho por su desempeño en esa batalla decisiva. El «Héroe de Ayacucho», como lo llamarían en adelante, pronunció durante la decisiva batalla una famosa arenga que es recordada cuando se piensa en dicha batalla: ¡Soldados, armas a discreción; de frente, adelante  paso de vencedores!

La Institución Educativa José María Córdoba se conformó el 5 de septiembre de 2002, por Decreto departamental, mediante la fusión de los centros educativos José María Córdoba, Pedro Antonio Sánchez Tello y Manuela Beltrán.